空間ゲノミクス技術の発達と共に、組織をサブセルラーレベルで遺伝子の空間構成をプロファイリングできるようになった。また、高品質の空間解析データを取得するため、サンプルのRNA品質を確保することが重要である。本ウェビナーでは、RNAの品質確保方法、および最先端空間ゲノミクス解析装置、Vizgen社のMERSCOPE®について紹介する。
【演題1】ISH解析するためのサンプルRNA品質確保
演者：大久保 和央様
ジェノスタッフ株式会社 技術開発本部 主任研究員
in situ hybridization法（ISH）や空間解析の解析対象となるRNAは非常に分解しやすい分子です。組織切片上で遺伝子の検出を成功させるためには、ブロックや切片を作製するまでの工程で、できるだけRNAが分解されないようにすることが重要となります。また、特にヒト組織検体では、固定や包埋の条件をコントロールすることが難しい場合があります。ブロックや切片の品質にバラつきが見られたり、同一切片内でも場所によりRNAの検出感度が異なる検体もあり、解析前に適切な方法で品質確認をすることが必要となります。
本セミナーでは、RNAの保存に主眼をおいた組織のプレパレーションの方法に加え、『面』での品質確認の方法を解説します。
【演題2】単細胞レベルでの腫瘍組織空間トランスクリプトーム解析
演者：顧 文彬/Wenbin Gu
プライムテック株式会社 研究支援部 アプリケーションサポート 主任
不均一な腫瘍微小環境に埋め込まれた細胞、遺伝子間の空間情報は、患者の予後診断に重要な役割を担う。Vizgen社MERSCOPE®は、MERFISH技術により、サブセルラーレベルの分解能で患者腫瘍組織の細胞や遺伝子発現の空間構成を直接プロファイリングできる。Vizgenのがん汎用プレデザインパネル（500遺伝子）を用いて、多様な腫瘍型の高RNA品質ヒト臨床検体（新鮮凍結組織およびホルマリン固定パラフィン包埋組織）をMERSCOPE®で測定した事例を紹介する。MERSCOPE®は、がんの遺伝的原因や創薬ターゲットの特定、がん細胞のサブタイプ分類などの難題に創新的なアプローチを提供する。