LGC Biosearch Technologies社 ブログ記事
（-製品の最新技術や活用事例のご紹介-）

最新の「Know your oligo mod」では、5-methyl deoxycytidineの影響について考察します。この修飾ヌクレオシドは、二重鎖の安定性を高め、治療用オリゴに対する免疫反応を低下させます。

ロックド核酸は、様々な方法でオリゴヌクレオチドを調整し、性能を向上させるために、ますます人気のある修飾です。Know Your Oligo Modシリーズの一環として、この修飾塩基がどのように機能し、qPCRプローブやプライマー、そして治療開発においてどのように使用されているかを見てみましょう。

非蛍光クエンチャー BHQ(Black Hole Quencher)

今回は、LGC Biosearch Technologies社が独自に開発したオリゴヌクレオチド修飾用の非蛍光性クエンチャー発色団の基礎について説明します。Black Hole Quencher™（BHQ™）色素は、しばしば単にBHQ色素と略されます。最も効果的な可視スペクトルの範囲に従い、0から3までの番号が付けられています。全ての異なるBHQ色素修飾を調べる前に、クエンチャーとは何か、オリゴヌクレオチド修飾としてどのように使用されるかについて少し説明します。

現在、利用可能なゲノムツールは急速なペースで開発され続けており、すべての異なるテクノロジーとその様々な長所と短所を把握するには時間がかかります。ターゲットに対する分子育種アプローチでは、ジェノタイピング技術は強力なツールです。従って、科学者はジェノタイピングによるアプローチが成功する可能性と、望ましい結果を得るためのコストを比較検討しなければなりません。そのため、形質マッピングにはどのような技術が適しているのかという質問をよく受けます。

ソルガム[Sorghum bicolor (L.) Moench]は二倍体の穀物で、食用、飲料用（ビール）、家畜飼料用、燃料用、そして環境に優しい建築資材として利用されています。世界で推定4,000万ヘクタールで栽培されており、最も栽培されている穀物の第5位に分類されます。ソルガムは、半乾燥熱帯地域、特にアフリカの食糧安全保障において重要な役割を果たしており、栽培面積ではトウモロコシ（Zea mays L.）に次ぐ第2位です。これらの地域では、小規模農家が食料を確保し、自給自足の収入を得るために、この作物に依存しています¹。

世界的な気温の上昇、水不足、生産ニーズを満たすための耕地面積の減少、人口の増加、サプライチェーンの寸断、生産の不安定性、限られた労働力など、現代の農業はかつてない課題に直面しています。国連食糧農業機関（FAO）がまとめた推計によると、2050年までに93億人の世界人口を養うためには、60％増の食糧を生産する必要があります¹。 

この「Know Your Oligo Mod」ブログシリーズでは、オリゴヌクレオチドを標識するための高性能蛍光色素であるATTOの利点を探ります。

ATTO蛍光色素は、生物学的イメージングや分析用の蛍光標識として広く使用されている有機合成分子の一群です。これらはドイツのATTO-Tec GmbHによって開発され、同じ波長の他の蛍光色素に比べて高い光安定性と輝度で知られています。

この 「Know your oligo mod」 シリーズでは、オリゴヌクレオチド治療技術の大きな進歩である2'-O-methoxyethyl（2'-MOE）修飾について深く掘り下げていきます。 
ヌクレオチドの糖部の2'位は化学修飾の格好の位置であり、アンチセンス技術やゲノム創薬において極めて重要な役割を果たしています。2'-MOE修飾は、リボースの2'-OHをO- methoxyethylメトキシエチル基で置換し、オリゴヌクレオチド治療薬、特にアンチセンスオリゴヌクレオチド（ASO）の特性を強化します。

コンタミネーション汚染のリスクを除くために
PCRは現代の分子生物学において、間違いなく最も有効な技術の一つであり、驚くほど微量のDNAを検出できる感度を持ちます。しかしながら、この方法での感度は最も大きな課題の一つでもあり、わずか数分子のDNAを検出する場合、不注意なコンタミ汚染は誤解を招くデータを与える可能性があります。コンタミ汚染の問題は、SARS-CoV-2検出のような分子診断検査用のqPCR反応において特に重大であり、たとえ単に長いDNA断片であっても、鋳型DNAがコンタミ汚染されると、偽陽性の結果を生み出す可能性があります。

LNA、MGB、BHQplusのどれを選ぶか決める際、ガイドとして、本ブログ資料をぜひご参考にしてください